Une condition ou un trait polygénique est dû aux effets combinés de plusieurs gènes (par opposition à l’influence d’un seul gène). Cela s’applique à une grande majorité des cas d’autisme. Parmi les rares exceptions : un trouble appelé neurofibromatose, où l’autisme est associé à l’altération d’un seul gène. Dans l’autisme, le rôle de multiples gènes est encore compliqué par le fait que différentes combinaisons de gènes peuvent être impliquées chez différents individus. (Voir également hétérogénéité génétique).