À partir des scores totaux obtenues de sa questionnaire, Baron-Cohen a trouvé que les répondants autistes avaient tendance à obtenir des scores plus élevés pour la systématisation et plus bas pour l’empathie, alors que moins des répondants contrôles présentaient ce même schéma (Baron-Cohen et al., 2014). D’après ce profil, les personnes autistes auraient des intérêts et des compétences particuliers dans des sujets de systématisation, tels que l’ingénierie, la science et l’informatique, et seraient moins intéressés ou compétents dans les relations aux autres et les interactions sociales. 

Ce profil semble largement cohérent avec les critères diagnostiques, et la théorie a le mérite de combiner des traits qui essaient d'expliquer les caractéristiques sociales et non sociales d'autisme dans la même théorie. Cependant, l'approche a été fortement remise en question (Subbaraman, 2014). Tout d'abord, les différences de score total entre les participants autistes et les participants témoins dans les études de Baron-Cohen sont faibles et variables selon les individus. Ainsi, les profils suggérés ne peuvent pas être nettement différenciés les uns des autres. Deuxièmement, comme les questionnaires sont des auto-évaluations, les participants peuvent choisir leurs réponses pour correspondre à l'image de soi qu'ils choisissent de projeter aux autres, plutôt que de révéler leurs véritables préférences personnelles. En effet, depuis que la théorie est largement connue, certaines personnes autistes ont peut-être modifié leur image de soi suite à leur exposition à la théorie. Par exemple, une personne peut commencer à voir des traits systématisés dans sa personnalité. D'autre part, de nombreuses membres de la communauté des autistes affirment que la théorie ne représente pas leur expérience vécue. Parmi eux, Rachel Cohen-Rottenburg (2009) qui, concernant l'empathie, a commenté dans son blog :

"...L'expérience quotidienne de nombreuses personnes autistes, sur l'ensemble du spectre, contredit la théorie du professeur. Beaucoup d'entre nous éprouvent un tel degré d'empathie que nous nous mettons constamment à la place des autres, essayant de reconnaître tous les côtés de toute controverse ou conflit. Beaucoup de nos problèmes de surcharge sensorielle et émotionnelle proviennent d'un excès de cette capacité, et non d'un déficit... "

Le chercheur Damien Milton, lui-même autiste, soutient que le déficit d'empathie, s'il existe, entre les autistes et les personnes neurotypiques, est double : il s'agit autant de l'incapacité des personnes neurotypiques à comprendre les sentiments et les expériences émotionnelles des autistes que de l'inverse (Milton et al 2020).

 "Ainsi, tout comme on pourrait dire que les personnes autistes manquent de 'perspicacité sociale' dans la culture et la communication non autistes, on pourrait également dire que les personnes non autistes manquent de 'perspicacité sociale' dans la culture et la communication autistes" (Heyworth 2020). 

Baron-Cohen a adapté sa théorie pour tenter de répondre aux critiques de ce genre. Il suggère que les personnes autistes manquent de l’élément cognitif de l'empathie - reconnaître ce que les autres pensent et ressentent, ce qui est essentiellement la théorie de l'esprit - mais qu’elles retiennent l’élément émotionnel - la capacité à ressentir des émotions appropriées en réponse aux autres.  Certaines études qui utilisent les auto-rapports des participants sur leur réaction à des situations sociales semblent confirmer cette dissociation (Rueda et al (2015). Cependant, ce n’est pas clair comment l'empathie émotionnelle fonctionnerait dans des situations sociales réelles si elle est dissociée de la capacité à reconnaître les sentiments des autres.

Concernant la systématisation, Cohen-Rottenburg (2009) ajoute :

"Alors que Baron-Cohen semble célébrer nos forces de "systématisation" comme un moyen de nous amener à la lumière de la dignité humaine, il oublie que certains d'entre nous ont échoué en calcul, ne peuvent pas démonter ou remonter des gadgets, et ne se soucient pas le moins du monde des noms latins de quoi que ce soit. Les femmes autistes, en particulier, ne présentent pas les mêmes types de traits que la majorité des hommes autistes."

L'implication ici est que la théorie de Baron-Cohen évoque un stéréotype majoritairement masculin d'une personne autiste obsédée par les machines, les mécanismes et la classification. Pour répondre à ce critique, Baron-Cohen a révisé et actualisé son récit de la systématisation (e.g. Baron-Cohen 2020), mais le résultat est que la théorie a perdu de sa cohérence. Par exemple, reconnaissant que de nombreuses personnes autistes s'intéressent et font carrière dans des domaines tels que les arts visuels, la littérature et d'autres domaines créatifs, plutôt que dans des domaines classiquement systématiques comme l'ingénierie et les sciences, Baron-Cohen affirme que la systématisation est également caractéristique de ces domaines artistiques. Pourtant, Roth (2007) a analysé les écrits de poètes du spectre autistique et n'a trouvé aucune preuve cohérente de stratégies typiquement systémiques dans leur travail. De manière plus générale, la notion élargie de Baron-Cohen sur la systématisation a rendu le concept trop vague et non spécifique.