Ở cấp độ thực tiễn, các hoạt động đánh giá phúc lợi tại trang trại (đặc biệt là các cuộc đánh giá theo tiêu chuẩn phúc lợi hoặc các chương trình giám sát định kỳ do nhân viên trang trại thực hiện) hiện chỉ có thể sử dụng một số lượng hạn chế các chỉ số phúc lợi vận dụng (OWIs) có khả năng trực tiếp đánh giá (hoặc cố gắng đánh giá) trạng thái cảm xúc của động vật. Nghiên cứu nhằm xác thực các OWIs mới có khả năng đánh giá trực tiếp phúc lợi của động vật thủy sản, hoặc phát triển các chỉ số phúc lợi trong phòng thí nghiệm (LABWIs) thành các OWIs, có thể giúp nâng cao đáng kể khả năng bảo vệ phúc lợi động vật của ngành nuôi trồng thủy sản theo một cách toàn diện hơn.

Các chỉ số hành vi (Behavioural WIs), hoặc thậm chí các phương pháp đánh giá toàn diện trên toàn bộ cá thể như QBA (Qualitative Behaviour Assessment), đã cho thấy nhiều triển vọng nhất trong việc phản ánh các khía cạnh cốt lõi của phúc lợi, bởi đây là những phương pháp không xâm lấn và tương đối thuận tiện để áp dụng trong thực tế. Tuy nhiên, các rào cản về hậu cần và những phức tạp về mặt kỹ thuật vẫn đang hạn chế khả năng sử dụng thường xuyên các phương pháp này tại hiện trường bởi nhân viên trang trại và kiểm toán viên.

Cải thiện khả năng tạo ra thông tin phục vụ hành động trong WASs – Các ưu tiên nghiên cứu đối với chỉ số hành vi

Hành vi của động vật từ lâu đã được xem là một trong những lĩnh vực hứa hẹn nhất cho các nghiên cứu trong tương lai. Việc tích hợp các chỉ số hành vi (Behavioural WIs) vào các chương trình giám sát định kỳ và chiến lược quản lý tại trang trại hiện là ưu tiên đối với nhiều loài nuôi trồng thủy sản.

So với nhiều chỉ số dựa trên động vật khác, các chỉ số hành vi thường nhanh hơn, không xâm lấn và tương đối dễ ghi nhận trong hầu hết điều kiện sản xuất. Chúng cũng thường cung cấp những dấu hiệu cảnh báo sớm về các vấn đề phát sinh tại trang trại. Một số phương pháp đánh giá toàn diện trên toàn bộ cá thể, phản ánh "bức ảnh tức thời" về trạng thái phúc lợi của động vật (ví dụ như QBA), có ưu điểm rõ rệt là mang tính "toàn diện". Nếu tính thực tiễn của các phương pháp này tiếp tục được cải thiện để có thể sử dụng như OWIs, chúng sẽ trở thành những công cụ rất giá trị, góp phần nâng cao hiệu quả của các hệ thống đánh giá phúc lợi (WASs).

Tuy nhiên, việc theo dõi động vật thủy sản trong môi trường sống ba chiều luôn gặp nhiều khó khăn do hành vi bơi lội phức tạp và việc các cá thể thường bị che khuất khỏi tầm quan sát. Vì vậy, đánh giá hành vi phải đối mặt với một số thách thức về mặt triển khai như sau:

1) Việc theo dõi từng cá thể thường rất khó khăn, thậm chí đôi khi không thể thực hiện được, vì trong quá trình đánh giá, động vật liên tục xuất hiện rồi lại khuất khỏi tầm nhìn của người quan sát.

2) Nhiều chỉ số hành vi rất khó định lượng nếu người quan sát không được đào tạo phù hợp. Ngoài ra, kết quả đánh giá cũng phụ thuộc rất lớn vào năng lực và kỹ năng của người thực hiện.

3) Các thông tin có giá trị phục vụ cho việc ra quyết định thường chỉ thu được sau khi tiến hành các bước phân tích có hệ thống, chẳng hạn như xử lý dữ liệu video ghi lại hành vi của động vật. Điều này khiến nhiều phương pháp đánh giá hành vi không đủ nhanh để áp dụng trong các cuộc đánh giá chính thức cần được thực hiện ngay tại hiện trường.

4) Việc đánh giá những thay đổi trong các hành vi cụ thể (chẳng hạn như cắn vây hoặc tốc độ bơi) cũng tiềm ẩn nguy cơ diễn giải sai mối liên hệ giữa những thay đổi đó với tình trạng phúc lợi hiện tại của động vật. Ranh giới giữa phản ứng hành vi bất lợi (maladaptive behaviours) và cơ chế thích nghi bình thường (normal coping mechanisms) thường không rõ ràng; vì vậy, cũng như nhiều trường hợp khác, bối cảnh luôn đóng vai trò quyết định. Các chỉ số này không chỉ cần được xây dựng riêng cho từng loài mà còn phải phù hợp với từng điều kiện cụ thể, đồng thời cần được ghi nhận cùng với nhiều OWIs khác để có thể đưa ra kết luận đáng tin cậy.

Việc giám sát bằng camera, đặc biệt là camera cho ăn đặt dưới nước, cho phép nhân viên trang trại (hoặc kiểm toán viên) xem lại hình ảnh từ xa. Tuy nhiên, như đã đề cập ở trên, việc theo dõi hành vi của từng cá thể trong các đàn lớn, đặc biệt trong điều kiện ánh sáng kém, thời gian đánh giá hạn chế, người quan sát chưa được đào tạo đầy đủ hoặc tồn tại thiên lệch trong quan sát, đều làm giảm đáng kể hiệu quả của phương pháp này.

Chính những khó khăn trong quá trình triển khai nêu trên là một phần lý do khiến phần lớn các tiêu chuẩn phúc lợi và chương trình giám sát tại trang trại hiện nay chỉ sử dụng rất ít chỉ số hành vi, mặc dù chúng mang lại nhiều thông tin độc đáo và có giá trị đối với hệ thống đánh giá phúc lợi (WASs). Tuy nhiên, các chỉ số này rất phù hợp để kết hợp với nhiều công nghệ mới nổi, qua đó có thể khắc phục đáng kể những hạn chế thực tiễn hiện nay.