ในภาพรวมระดับนโยบาย การประเมินสวัสดิภาพสัตว์ที่เลี้ยงในฟาร์ม (โดยเฉพาะการตรวจประเมินมาตรฐานสวัสดิภาพสัตว์หรือการติดตามตรวจสอบเป็นประจำโดยพนักงานฟาร์ม) ในปัจจุบันมีข้อจำกัดเรื่องของจำนวนตัวชี้วัดสวัสดิภาพที่ประเมินจากตัวสัตว์ที่นำไปใช้ได้จริงและสามารถประเมิน (หรือพยายามประเมิน) สภาวะทางอารมณ์ของสัตว์ได้โดยตรง การวิจัยเพื่อพิสูจน์ยืนยัน ตัวชี้วัดสวัสดิภาพที่ประเมินจากตัวสัตว์ (OWIs) ตัวใหม่ๆ ที่พยายามประเมินสวัสดิภาพจากสัตว์น้ำโดยตรง หรือการพัฒนาตัวชี้วัดสวัสดิภาพสัตว์ที่ใช้ในห้องปฏิบัติการ (LABWIs) ที่มีความคล้ายคลึงกันให้กลายมาเป็นตัวชี้วัดเชิงปฏิบัติการนั้น จะสามารถช่วยเพิ่มขีดความสามารถของการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำในการปกป้องสวัสดิภาพสัตว์ได้อย่างครอบคลุมอย่างยิ่ง ทั้งนี้ ตัวชี้วัดสวัสดิภาพสัตว์ด้านพฤติกรรม (Behavioural WIs) หรือแม้กระทั่งการประเมินภาพรวมทั้งตัวสัตว์ เช่น การประเมินพฤติกรรมสัตว์ด้านคุณภาพ (QBA) ได้แสดงให้เห็นถึงศักยภาพสูงสุดในการตรวจจับประเด็นที่สำคัญเหล่านี้ของสวัสดิภาพสัตว์ เนื่องจากสิ่งเหล่านี้เป็นทางเลือกในการประเมินที่ไม่รบกวนสัตว์และนำไปใช้ปฏิบัติจริงได้ดีกว่า อย่างไรก็ตาม อุปสรรคด้านการจัดการขนส่ง และความซับซ้อนทางเทคนิคยังคงเป็นอุปสรรคสำคัญที่ทำให้ไม่ให้สามารถนำวิธีเหล่านี้ไปใช้งานเป็นกิจวัตรประจำวันในสถานที่จริงโดยพนักงานฟาร์มและผู้ตรวจประเมินได้

การยกระดับข้อมูลเชิงลึกที่สามารถนำไปปฏิบัติได้จริงสำหรับระบบการประเมินสวัสดิภาพสัตว์น้ำ (WASs) – หัวข้อวิจัยที่ควรให้ความสำคัญเป็นอันดับแรกๆสำหรับตัวชี้วัดสวัสดิภาพสัตว์ด้านพฤติกรรม

พฤติกรรมสัตว์ถูกจัดให้เป็นหนึ่งในสาขาวิจัยที่มีแนวโน้มที่ดีที่สุดสำหรับงานวิจัยในอนาคต และการนำตัวชี้วัดสวัสดิภาพสัตว์ด้านพฤติกรรม (behavioural WIs) มาบูรณาการใช้ในกิจวัตรการตรวจเฝ้าระวังประจำฟาร์มและใช้ในกลยุทธ์การจัดการในฟาร์มจึงเป็นเรื่องที่ต้องให้ความสำคัญเป็นอันดับต้นๆสำหรับสัตว์น้ำหลายชนิด เมื่อเปรียบเทียบกับตัวชี้วัดประเภทอื่นที่ประเมินตามตัวสัตว์ ตัวชี้วัดสวัสดิภาพสัตว์ด้านพฤติกรรม (Behavioral Wis นี้สามารถกระทำได้รวดเร็ว ไม่รบกวนสัตว์ และสามารถจัดเก็บข้อมูลได้ง่ายภายในบริบทของฟาร์มส่วนใหญ่ นอกจากนี้ ตัวชี้วัดนี้มักจะช่วยส่งสัญญาณเตือนภัยล่วงหน้าเมื่อเกิดปัญหาขึ้นในสถานที่ฟาร์มด้วย การประเมินภาพรวมทั้งตัวสัตว์บางประการจะสะท้อนให้เห็นภาพรวมสภาวะสวัสดิภาพทั้งหมดของสัตว์ที่เกี่ยวข้อง ณ ช่วงเวลานั้น  (เช่นประเมินพฤติกรรมสัตว์ด้านคุณภาพ QBA) มีข้อดีที่เห็นได้ชัดคือ เป็นการวัดผลที่ครบถ้วนสมบูรณ์ในตัวเอง ซึ่งหากมีการพัฒนาให้วิธีเหล่านี้สามารถนำไปใช้งานได้จริงในทางปฏิบัติในฐานะเป็นตัวชี้วัดสวัสดิภาพเชิงปฏิบัติการได้ การประเมินเหล่านี้จะกลายเป็นส่วนเสริมที่มีประสิทธิภาพอย่างยิ่งในการเสริมสร้างระบบประเมินสวัสดิภาพสัตว์ (WASs)

อย่างไรก็ตาม พฤติกรรมการว่ายน้ำที่ซับซ้อนและการมีสิ่งกีดขวางบดบังสายตาขัดขวางการมองเห็นสัตว์แต่ละตัวนั้นเป็นเรื่องปกติธรรมดาในการพยายามเฝ้าระวังติดตามสัตว์น้ำในสภาพแวดล้อมแบบ 3 มิติ ด้วยเหตุนี้ จึงเกิดความท้าทายทางการจัดการหลายประการสำหรับการประเมินด้านพฤติกรรมสัตว์

1) การติดตามพฤติกรรมสัตว์เป็นรายตัวมักทำได้ยากมากและบางครั้งก็เป็นไปไม่ได้ เนื่องจากสัตว์มักจะว่ายเข้าและออกนอกสายตาการมองเห็นของผู้สังเกตการณ์ในระหว่างการประเมิน 

2) ตัวชี้วัดสวัสดิภาพสัตว์ด้านพฤติกรรม (Behavioral Wis) หลายประการที่ทำการประเมินได้ยากถ้าหากปราศจากการฝึกอบรมที่ถูกต้องเหมาะสม อีกทั้งยังต้องมีแรงจูงใจและทักษะของผู้สังเกตการณ์ในวิธีการใช้ตัวชี้วัดเหล่านั้นเป็นอย่างมาก 

3) ข้อมูลผลลัทธ์เชิงลึกที่สามารถนำไปปฏิบัติได้จริง มักจะต้องรอข้อมูลที่ดำเนินการวิเคราะห์เพิ่มเติมอย่างเป็นระบบแล้ว ยกตัวอย่าง เช่น ข้อมูลวิดีโอพฤติกรรมของสัตว์ที่เก็บรวบรวมมา ทำให้การประเมินด้านพฤติกรรมส่วนใหญ่ล่าช้าไม่คุ้มค่าแก่เวลาที่จะใช้ประเมินอย่างเป็นทางการที่ต้องปฏิบัติและรู้ผลทันทีในสถานที่จริง  

4) การประเมินการเปลี่ยนแปลงพฤติกรรมทางกายภาพที่จัดเจน (เช่น การกัดครีบ หรือความเร็วในการว่ายน้ำ) เป็นการเพิ่มความเสี่ยงในการแปรผลผิดพลาดในประเด็นที่การเปลี่ยนแปลงพฤติกรรมเหล่านี้เชื่อมโยงกับสถานะสวัสดิภาพปัจจุบันของสัตว์อย่างไร เส้นแบ่งระหว่างการตอบสนองทางพฤติกรรมที่ไม่เหมาะสม (maladaptive) กับกลไกการรับมือตามปกติของสัตว์ (ในการจัดการกับความเครียด) (normal coping mechanisms) มักจะแยกไม่ชัดเจน ดังนั้น บริบทจึงเป็นสิ่งสำคัญอย่างยิ่ง ตัวชี้วัดเหล่านี้ไม่เพียงแต่ต้องเฉพาะเจาะจงตามชนิดพันธุ์ (species-specific) เท่านั้น แต่ยังต้องเฉพาะเจาะจงตามสภาวะเงื่อนไขด้วย (condition-specific) (ดังที่ได้กล่าวไว้ก่อนหน้านี้ว่าเป็นความจำเป็นที่ต้องมีการบันทึกควบคู่ไปกับตัวชี้วัดสวัสดิภาพเชิงปฏิบัติการอื่นๆ อีกจำนวนมาก เพื่อให้ได้ข้อสรุปที่น่าเชื่อถือ)  

การตรวจเฝ้าระวังด้วยกล้องวิดีโอ (โดยเฉพาะจากกล้องให้อาหารใต้น้ำ) ช่วยให้พนักงานฟาร์ม (หรือผู้ตรวจประเมิน) สามารถตรวจสอบวิดีโอย้อนหลังได้จากระยะไกล อย่างไรก็ตาม ดังที่ได้กล่าวไว้ก่อนหน้านี้ การติดตามพฤติกรรมสัตว์เป็นรายตัวท่ามกลางการอยู่รวมกันเป็นฝูงขนาดใหญ่ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในสภาวะที่มีแสงน้อย ประกอบกับข้อจำกัดด้านเวลา ข้อจำกัดด้านการได้รับการฝึกอบรมไม่ดีเพียงพอ และการมีอคติของผู้สังเกตการณ์ที่อาจเกิดขึ้น ทั้งหมดนี้ล้วนเป็นปัจจัยสำคัญที่ลดทอนประสิทธิภาพของแนวทางตรวจติดตามพฤติกรรมด้วยวิธีนี้อย่างมาก

ความยุ่งยากในการจัดการที่กล่าวมาข้างต้น คือสาเหตุส่วนหนึ่งที่ทำให้มาตรฐานส่วนใหญ่และการตรวจประเมินประจำวันในฟาร์มที่ได้รับการยอมรับและนำมาใช้กันอย่างแพร่ทั่วไปจึงมีการนำตัวชี้วัดด้านพฤติกรรมมาใส่ไว้ในแบบประเมินเพียงเล็กน้อย  ถึงแม้ว่าตัวชี้วัดด้านพฤติกรรมเหล่านี้จะให้ข้อมูลเชิงลึกที่เป็นเอกลักษณ์และมีประโยชน์ต่อระบบการประเมินสวัสดิภาพสัตว์ (WASs) อย่างยิ่งก็ตาม อย่างไรก็ดี ยังโชคดีที่ตัวชี้วัดด้านพฤติกรรมเหล่านี้มีความเหมาะสมอย่างมากในการที่จะนำเทคโนโลยีใหม่ๆจำนวนมากมาปรับใช้เพื่อก้าวข้ามข้อจำกัดในทางปฏิบัติเหล่านี้